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  地下水可以通過噴泉或有植物和無植物參與的蒸發作用(植物蒸騰作用)而釋放到地表或大氣中。有些水則被植被自身所貯存。取決於水滲透和散失的相對速率,地下水位會有升有降,還有時會保持不變。受重力作用產生的壓力足夠大時,就能使地下水通過一定的渠道到達地表,形成自流泉;在地下水與地表的交匯處,地下水會以低地泉的形式流到地表;地下水還會在地下熱能的作用下以噴泉形式流到地表,形成溫泉。通常溫泉都是間歇泉,即間歇噴出。溫泉的泉水不僅來源於滲透的地表水,還來自於岩漿水。  當地表水滲透到可滲性土壤和岩石層中時,其中的可溶性或懸浮性有機物和無機物成分會發生改變。原因是地表土壤與岩石的吸附作用、離子交換,以及微生物的化學反應,包括細菌、真菌和原生生物,它們主要分布在岩石的表層,吸收有機物和有限的無機物新陳代謝  植物根係通過吸收和/或排泄影響根圈中的可溶性組分。被汙染的水滲透到足夠深的地下,途中若未遇到大的裂縫,就會被完全純化。因為裂縫有還原性的表麵,會使水過濾不充分。某些情況下,地下水經過濾或到達水位時,會變得高度礦化。如果這些被礦化的水到達地表,被蒸發時就會形成碳酸鈣、氧化鐵或其他成分的礦床。  地下水層中的微生物已經被係統性研究。在滲透區和某些淺的蓄水區,細菌分布多達106/kg,類型包括革蘭氏陽性菌和革蘭氏陰性菌,且前者明顯占多數。在特殊情況下,還會有真菌孢子和酵母細胞的存在,但通常認為在下表層和地下水中沒有真核生物的存在。

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